Еврейский музей и центр толерантности изначально создавался как уникальный комплекс, в котором сочетаются классические музейные принципы и современные мультимедиа. Музей расположился в здании бывшего Бахметьевского автобусного парка, построенного по проекту архитектора-авангардиста Константина Мельникова.

Постоянная экспозиция включает 13 тематических пространств, каждое из которых соответствует определенному периоду мировой и российской истории. В пространстве музея соединились подлинные исторические артефакты и интерактивные экспонаты. Путешествие по музею начинается с 4D-кинотеатра, где обретают объем легендарные истории из священных еврейских книг, продолжается в зале миграций и затем в еврейском местечке — штетле, с его шумным рынком, сакральным пространством синагоги или семейной шаббатней трапезой, и дальше открывает посетителям века истории российского еврейства. Самый большой панорамный экран открывает перед посетителями трагические события Второй мировой войны и Холокоста. В этом зале звучат голоса евреев, воевавших в Красной армии, переживших блокаду, тех, кто оказался в лагерях и гетто, голоса героев сопротивления. С ними соединяются комментарии исследователей и экспертов, приглашая посетителей к диалогу о тех трагических временах. Экспозиция продолжается диалогами евреев в типичной советской квартире, рассказами о возрождении религиозной и общинной жизни в эпоху Перестройки. Современная и насыщенная основная экспозиция — это сердце музея, а в его новом пространстве проходят яркие временные выставки.

Еврейский музей — это не только экспозиционное пространство, но и образовательная площадка, центр исследования еврейской культуры и истории, место для диалога на непростые и неоднозначные темы. С момента основания в музее действует Центр толерантности, чья миссия — создать пространство для трансляции культуры мира и сотрудничества, распространять идеи ценности и равноправия национальных культур и религий. Центр толерантности является, с одной стороны, частью экспозиции музея, с другой — самостоятельной площадкой, на которой проводятся тренинги, семинары, лекции, практикумы, круглые столы и многое другое.